Pipistrellus madeirenses, Morcego da Madeira e Pterodroma madeira, Freira da madeira

Esta constatação foi confirmada pelo Tribunal (processo C-127/02 n.os 35 a 37): «O facto de um plano ou projeto ter sido autorizado segundo o procedimento previsto no artigo 6.o, n.o 3, da Diretiva Habitats torna desnecessária, tratando-se de uma intervenção sobre o sítio protegido objeto do referido plano ou projeto, uma aplicação concomitante da norma de proteção geral objeto do n.o 2 do mesmo artigo. […] A autorização de um plano ou projeto, concedida nos termos do artigo 6.o, n.o 3, […] supõe necessariamente que tal plano ou projeto tenha sido considerado insuscetível de afetar a integridade do sítio em causa e, por consequência, também de provocar deteriorações ou perturbações significativas na aceção do n.o 2 do referido artigo.

Por outro lado, quando uma autorização para um plano ou projeto é concedida em inobservância do artigo 6.o, n.o 3, pode ser constatada uma violação do n.o 2 do referido artigo quando se provem deteriorações de um habitat ou perturbações que atingem espécies para as quais a zona em questão foi designada (C-304/05, C-388/05, C-404/09, C-141/14).